К началу войны здание Новосибирского театра оперы и балета, в целом было возведено, сдать его планировали в августе 1941 года. Но война возложила на театр другую миссию – хранителя культурного наследия. В помещениях театра разместились сокровища музеев Москвы, Ленинграда, других музеев европейской части СССР. В помещениях театра были открыты выставки Третьяковской галереи и Этнографического музея.
Начиная с ноября 1942 года, зрительная часть здания использовалась для проведения торжественных заседаний и концертов, в которых участвовали артисты Новосибирска и музыкальных коллективов, находившихся здесь в эвакуации.
Осенью 1942 года в тяжелейшее время для страны, когда только разгоралась Сталинградская битва, правительство приняло решение о включении Новосибирского оперного в список первоочередных строек. Это был вызов разрушительной стихии войны: продолжение культурного строительства в тылу воюющей страны.
В октябре началась формирование штата обслуживающего персонала и административного аппарата театра оперы и балета. В это время на сцене, отделённой от зала многотонным противопожарным занавесом, шли монтажные работы, оркестровую яму закрыли специальным настилом, и эту часть использовали как концертную площадку.
22 июля 1943 года горисполком принимает решение о передачи всей полноты власти и ответственности за окончание строительства дирекции театра. С началом интенсивных строительных работ театр остро нуждался в дефицитных материалах. Несмотря на загруженность железной дороги военными перевозками, театральное оборудование доставлялось в Новосибирск из Москвы.
Строительству очень не хватало квалифицированных кадров. Многие бывшие строители здания воевали на фронтах Отечественной войны. Многие не вернулись… Театру не хватало архитекторов. Б.А. Гордеев умер от туберкулеза в мае 1943 года. Другой архитектор, Б.И. Дмитриев, воевал на фронте. Даже находясь на передовой, он не переставал думать о делах строительства и писал письма с инструкциями по проведению работ. Б.И. Дмитриев погиб в июле 1944, так и не увидев грандиозный результат своего труда.
Помощь стройке оказывали предприятия Новосибирска и эвакуированные заводы. Специалисты завода имени Чкалова работали над механическим устройством для театральных занавесей, строительный цех завода помогал оснастить сцену.
В ноябре 1943 года Новосибирский горисполком вынес решение: «Обязать дирекцию театра закончить работы первой очереди новосибирского театра оперы и балета с выполнением к 1 января 1944 года всех отделочных работ», и уже в начале февраля 1944 года правительственная комиссия подписала документ о приемке первой очереди театра в эксплуатацию.
В октябре 1944 года вышел приказ о реэвакуации музейных ценностей. Уникальные грузы из Новосибирска начали возвращаться в Москву и Ленинград.
9 апреля 1944 года Председателем Совнаркома РСФСР А.Н. Косыгиным было подписано распоряжение о выделении Новосибирскому театру из резервного фонда Совнаркома одного миллиона рублей.
Открытие было назначено на весну 1945 года.
В октябре 1944 года был составлен репертуар первого сезона: «Иван Сусанин» М. И. Глинки, «Евгений Онегин» П. И. Чайковского, «Кармен» Ж. Бизе, «Травиата» Дж. Верди.Уже была намечена и дата первого спектакля. К этой дате готовились, выпускали афиши, печатали пригласительные билеты. 12 мая 1945 года оперой М. Глинки «Иван Сусанин» открылся Новосибирский государственный театр оперы и балета.
